En el 2009 la Dirección de Investigación convocó a un grupo de expertos de las unidades académicas de la UNA para generar la propuesta y presentarla al Ministerio de Competitividad, impulsor de la idea. Esta propuesta es la que posteriormente se convierte en el HIDROCEC. Una vez elaborada la propuesta, la Dirección de Investigación solicitó la apertura del código para el programa “Creación de los Centros: Recurso Hídrico y Energías Renovables”, lo que es actualmente el HIDROCEC-UNA.  Vale la pena aclarar que esta iniciativa no tuvo sesión de análisis ya que en un inicio estaría financiada solo con fondos externos. La propuesta contó con acuerdos de aprobación de las Unidades Académicas participantes, estos acuerdos son los necesarios para inscribir una iniciativa de esta naturaleza (Escuela de Química, IRET-UNA, Dep Física, CEMEDE).

En enero del 2010 se firma un convenio marco de cooperación entre el Instituto Tecnológico de Monterrey, México (ITESM) y la Universidad Nacional (UNA) con la intención de realizar intercambios de investigadores y de estudiantes, así como realizar otras actividades académicas que fortalezcan el Centro del Agua para América Latina y el Caribe y el nuevo Centro de Recursos Hídricos para Centroamérica y El Caribe. l HIDROCEC desde su formulación como programa trabaja en procesos multidisciplinarios, inter y transdisciplinarios de investigación, desarrollo e innovación científica y tecnológica, así como de formación continua y permanente, articulando su quehacer entre la academia, el gobierno y los otros sectores involucrados en el manejo del tema del agua